У 1984 році виставкові зали, які раніше належали Інституту зоології Польської академії наук, і були розташовані в Палаці молоді (частина Палацу культури і науки), були підпорядковані Інституту палеобіології який на їхній базі створив Музей еволюції. У 1985 році для публіки була відкрита постійна виставка «Еволюція на суші» (за концепцією Софії Кілан-Яворовської і участю Анджея Сулімського та команди Інституту палеобіології). На виставці були представлені численні екземпляри, зібрані під час експедицій до Монголії. Також частина виставки була присвячена сучасним тваринам, зокрема комахам і птахам, в якій експонувалися зразки з колекцій Інституту та Музею зоології.

У 2001 році була відкрита нова виставка, що демонструє пізньотріасових плазунів і земноводних, виявлених в районі Красейова (поблизу Ополе). Виставка містить як оригінальні викопні матеріали з красейовського місцезнаходження, так і реконструкції життя наземних і водних тварин, знайдених у цьому місці.

У 2003 році антропологічний розділ експозиції музею був розширений, включивши знамениту реконструкцію австралопітека «Люсі».

У 2005 році постійна експозиція Музею еволюції зазнала подальшого розвитку. Найбільш значущі доповнення включали дві нові реконструкції скелета монгольських динозаврів Tarbosaurus і Opisthocoelicaudia, засновані на найсучаснішій науковій інформації про їх анатомію.

У 2009 році постійна експозиція Музею еволюції була додатково розширена до 150-річчя публікації книги Чарльза Дарвіна «Походження видів». В новій виставці під назвою «Хто дав мені ноги? Завоювання землі хребетними» була зображена девонська болотна діорама з моделями відомих тетраподоморф Тікtaalik в її центральній частині.